سازه ورودی و خروجی سپتیک تانک به منظور کمک به عملکرد سیستم طراحی می‌گردند. برای حصول اطمینان از عدم پس زدن جریان در فاضلابروهای ساختمان طی دبی‌های زیاد، بایستی اختلاف ارتفاع حداقل ۵ تا 5/7 سانتی‌متر بین رقوم آب در ورودی و خروجی وجود داشته باشد. به منظور ایجاد فضای لازم برای تجمع کفاب و تهویه فضای خالی حداقل ۲۳ سانتیمتری روی سطح آب در نظر گرفته می‌شود. ورودی و خروجی هر دو مجهز به دیواره عرضی یا راهبند می‌باشند. معمولاً از سه راهی‌های پلاستیکی به عنوان راهبند استفاده می‌شود. البته از راهبندهای بتنی و فایبرگلاس نیز استفاده می‌گردد. استفاده از صافی‌های قابل باز شدن و تمیز شدن که به لوله خروجی متصل می‌باشند به شدت توصیه می‌گردد.

بافل ورودی به منظور جلوگیری از ایجاد جریان میان بر، کاهش انرژی جریان ورودی و پخش کردن فاضلاب ورودی به سمت پائین مخزن طراحی می‌گردد. بخشی از سه راهی که به سمت بالا امتداد می‌یابد بایستی حداقل تا ۱۵ سانتی‌متر بالاتر از سطح سیالی داخل مخزن ادامه یابد، تا گاز تجمع یافته داخل مخزن از طریق آن وارد لوله فاضلابروی ساختمان شده و از طریق سیستم تهویه لوله‌ها خارج شود. بخش پائین رونده سه راهی بایستی تا ناحیه زلال که بین لایه کفاب و لجن قرار دارد امتداد یابد لیکن نباید عمق لبه آن بیش از 30 تا۴۰ درصد عمق سیال داخل مخزن باشد. حجم این بخش نباید بیشتر از ۹ تا ۱۲ لیتر باشد. تا کاملاً شسته شده و مواد شناور باعث گیر کردن آن نشوند.

بافل خروجی به منظور تخلیه پساب از ناحیه زلال بین لایه‌های لجن و کفاب طراحی می‌گردد. همانند سه راهی ورودی، در خروجی نیز قسمت رو به بالا باید حداقل ۱۵ سانتیمتر بالاتر از سطح سیال قرار گیرد تا از گرفتگی خروجی توسط کقاب جلوگیری گردد. و قسمت رو به پائین بین ۳۰ تا ۴۰ درصد عمق سیال پائین رود. استفاده از صافی یا آشغالگیر خروجی از خارج شدن مواد شناور و لجن معلق شده جلوگیری می‌کند. در بالای خروجی نیاز به یک دریچه بازدید برای خارج کردن، بازدید و تمیز کردن صافی مورد نیاز است. صافی‌های توری یا شکاف‌دار با روزنه‌ها یا چشمه‌های 8/0 تا 3 میلیمتر بدین منظور بکار می‌رود.

ناحیه جذب شامل تعداد زیادی لوله فرعی می‌باشد پساب خروجی از سپتیک می‌تواند از طریق سوراخ‌های که روی دیواره این لوله‌ها در طول ایجاد گردیده بتدریج خارج شده و وارد خاک گردد. بمنظور توزیع یکنواخت سیال در محیط جذب دقت زیادی در شیب بندی این لوله‌ها لازم است. لوله‌های فرعی توزیع کننده پساب در تراشه جذب نصب می‌گردند. این تراشه سطح لازم را برای حداکثر تماس بین پساب و خاک منطقه جذب ایجاد می‌کند. قلوه سنگ‌هائیکه داخل تراشه در اطراف لوله ریخته می‌شود از آن در مقابل نفوذ ریشه گیاهان و حیوانات نقب زن محافظت می‌کند.