در کشورهای پیشرفته و صنعتی در مناطقی که برای آشامیدن از سفره های زیر زمینی بهره می گیرند برای جمع کردن فاضلاب های خانگی از سپتیک تانک بهره می گیرند که این عامل هم مانع از آلوده شدن آب های زیرزمینی می شود و هم مانع شیوع بیماری ها می شود.در برخی موارد از سپتک تانک پلی اتیلنی که از بهترین سپتیک تانک ها است بهره می گیرند چون سپتیک تانک بتنی دارای کیفیت پایین تری می باشد که این کیفیت پایین منجر به بروز مشکلاتی می شود . رفع این مشکل بوسیله سپتیک تانک پلی اتلین باعث عدم ورود میکروب ها و باکتری و عوامل بیماری زا به آب های زیرزمین می شود. از جمله می توان به خلیج فلوراید اشاره کرد که در طی بارندگی فاضلاب موجود در مخزن باعث ورود مواد آلاینده به سفره های زیرزمینی شد عواملی که منجر به این مشکل شد شامل جایگزینی نامناسب سپتیک تانک در محل و یا کیفیت پایین دریچه سپتیک بوده که باعث نشت فاضلاب شده است.شایان ذکر است که خاک منطقه فلوریدا شنی متخلل بوده است.

زمانی که سپتیک تانک بصورت صحیح و در مکان مناسب نصب شود تقریبا بدون مشکل زیست محیطی خواهد بود در صورت نصب سپتیک تانک در مکان های نامناسب منجر به آلودگی محیط زیست می شودکه در زیر به چند مورد آن اشاره شده است:

آلودگی آب های سطحی

وقتی سپتیک تانک در مجاورت و اطراف آبهای سطحی ایجاد شود باعث بروز مشکلاتی می شود درصورت عدم نگهداری درست از سپتیک تانک منجر به آلودگی آب های سطحی می شود.

ایجاد بو و گاز

وجود ترکیبات فاضلابی چون سولفات که تحت شرایط بی هوازی به گازهای تند و سمی تبدیل می شود.از جمله این گازها دی اکسید کربن و متان می باشد.

وجود مواد مغذی در فاضلاب

زمانی که سپتیک تانک را در محل شنی یا خاکی که دارای دانه های درشت شن باشد نصب کنیم خاک با فسفات اشباع شده و ممکن است به آب های سطحی وارد شود .همچنین تخلیه فسفات از سپتیک در محیط زیست منجر به رشد گیاهان چون جلبک شده که رشد گیاهان پرکار چون جلبک منجر به بوجود امدن باکتری های سمی می شود.