لجن جمع شده درکف مخزن را در دوره ی زمانی 3 الی 5 سال بوسیله پمپ تخلیه کنند نباید همه ی لجن از مخزن خارج شود وجود مقداری لجن در سپتیک برا فعالیت بیولوژیکی تصفیه لازم می باشد.

مواد گند زدایی در صورت راه یافتن به مخزن سپتیک منجر به نابودی باکتری بی هوازی می شود.

زمانی که لجن ته نشین شده ضخامتش به 50 سانتی متر رسید باید اقدام به تخلیه شود.

تصفیه فاضلاب توسط سپتیک بصورت بهداشتی به سه روش زیر انجام می گیرد:

استفاده از چاه جاذب

چاه جاذب به حفره یا گودالی که قابلیت جذب داشته و کف آن تا بـالاترین سطح ایستایی حداقل 3متر فاصله داشته باشد گفته می شود .یکی از روش های طبیعی و سنتی دفع فاضلاب می باشد فاضلاب در این روش بدون تصفیه توسط لوله به چاه رسیده و تحت تاثیر فعل و افعالات تجزیه می شود و آب ضافی آن به سفره های زیر زمینی ممکن است نفو کند . هرچه چاه بهتر عمل تصفیه بهتر انجام می گیرد.

فیلتر شنی

در صورت نفوذپذیری کمتر از ترانشه شن و ماسه زمین طبیعی را پر میکنند در صورت نیاز به انجام تصفیه بیشتر بر روی پساب تصفیه شده باشد، یکی از واحدهای عملیاتی ضروری ، فیلتر شنی است. فیلتر شنی با حذف جامدات و لخته‌هایی که به نوعی از واحد ته نشینی فرار کرده‌اند، کیفیت پساب را به طرز شگفت انگیزی بهبود می‌بخشند. از آب تصفیه شده بوسیله فیلتر شنی تنها برای آبیاری فضای سبز که فاصله آن تا محل زندگی افراد بیشتر است ، استفاده می‌شود. حداقل کاری که برای تصفیه و استفاده مجدد از آب خاکستری می‌توان انجام داد، استفاده از فیلتر شنی است.

ترانشه جذب

موجموعه ای از کانالهای افقی که فاضلاب بـه منظورجـذب در زمین به آنها تخلیهمی شود و فاصله کف از بالاترین سطح ایسـتایی حـداقل 3متـر باشد.زمانی که سطح سفره های زیر زمینی بالاباشد ونفوذ پذیری زمین در حد بیشتری باشد بوسیله لوله های سوراخدار فاضلاب در تا عمق 90 سانتی پخش می کنند.